充裕的水源是自來水供應的命脈，因應金門水源取得之不易，本廠之水資源開發相當多元，自107年8月兩岸正式通水以來，大陸原水已正式供給地區各淨水場使用，現本廠配水量依水源別分類計有本地湖庫、大陸原水、地下水及海水等四大類。
為因應水源需求，目前本廠計有洋山、太湖、榮湖、紅山、等4座淨水場，處理本地湖庫、大陸原水；另設有海水淡化廠乙座，同時自瓊林以西有25口深井。
洋山淨水場：
109年10月正式運轉，目前委託廠商進行代操作營運，本淨水場設計為傳統淨水流程(快混池、膠凝池、沉澱池、快濾池)，設計處理水源以大陸原水為主，設計最大處理水量25,000CMD，目前每日出水量約12,000CMD，供水區域除金沙地區外，亦支援金西、烈嶼地區及金湖地區。
太湖淨水場：
民國87年建造，並於103年完成淨水場功能改善並納入運轉，現委託廠商進行代操作營運，淨水場除傳統淨水單位(快混池、膠凝池、浮除池、快濾池、慢濾池)，亦設置後端高級單元(UF、NF)，以因應地區本地湖庫原水特性，目前淨水場設計最大出水量為9,600CMD，處理水源以本地水源(太湖、陽明湖、田浦水庫)及大陸原水為主，並供應金湖地區民生用水
榮湖淨水場：
本淨水場於民國84年建造，為因應本地湖庫原水條件，本淨水場涵蓋傳統淨水單元及後端高級處理單元，其中傳統淨水流程設計最大處理水量為10,500CMD(水躍池、快混池、膠凝池、浮除池、快濾池、慢濾池)，後端高級處理單元(RO)設計最大處理水量為3,000CMD，處理水源以水源為本湖湖庫(榮湖、金沙水庫、擎天水庫及山西水庫)及水陸原水，主要供應金沙地區民生用水。目前自109年10月洋山淨水場啟用後已暫停淨水作業，逐步轉型為供水加壓場站。
紅山淨水場：
本淨水場於民國73年建造，為傳統淨水流程(水躍池、隔板迴流渠、沉澱池、快濾池、慢濾池)，處理水源以本湖湖庫(蓮湖、菱湖、西湖)為主，淨水場設計最大處理水量為3,000CMD，主要供應烈嶼地區民生用水。目前由於地區湖庫水源長期水質不佳，傳統淨水流程無法有效處理，自89年大小金海底管線完工後，已全面改由大金門支援地區民生用水，淨水場轉為備援使用。
海水淡化廠：
民國93年建置，原設計最大處理水量為2,000CMD，但為滿足未來用水需求，於108年完成功能改善暨擴建，提升設計最大處理水量至4,000CMD，目前委託廠商進行代操作營運，主要供應金湖地區民生用水。
瓊林以西25口深井及金城、莒光、昔果山、西浦頭等供水站：
由於西半島缺乏大型湖庫，且地下水資源豐沛，故早先西半島用水來源主要來自瓊林以西共計25口深井，並經供水場站除鐵錳設施處理後，提供民眾做使用，其供水區域為瓊林以西及金城鎮、金寧鄉。