金門地區因地形等天然條件，而無巨川長流，平均年雨量1,047毫米，僅為台灣地區平均年降雨量之40%左右，且降雨時間與降雨分布極不平均，其中75%集中於4月至9月左右，復因年蒸發量1,687毫米，形成雨量少而蒸發量大之乾燥氣候；另本地區現有水庫之水源多賴梅雨及颱風暴雨，雖已開闢多座水庫蓄水，惟其降雨時間短暫，加上集水面積狹小且坡度陡，以致大部分地區地表逕流不易聚集而直接奔流入海，水資源之涵養與開發困難，枯旱時段軍民多為缺水所苦，加上開放觀光旅遊及外流人口回流等因素影響，未來供水將形不足。
為改善金門軍民用水，符合衛生要求，增進健康之宗旨，水廠於民國55年4月1日正式成立，創辦初期以試辦城區供水為構想，因此供水範圍僅限於金城城區，規模不大，展開了金門自來水的新頁，但較台灣最早有自來水足足晚了60年。迨至57年始逐步擴大供水範圍，發展鄉村簡易自來水；63年則以改善軍民用水，促進農村經濟建設與環境衛生之改善為發展宗旨，設置金城、金湖、金沙、烈嶼等四個服務所；65年擴大供給設施，並為改善原水水質於82年增設污水處理課。至83年更進一步推動金門地區給水改善工程，將六個各自獨立的淨水場，重新規劃整合成太湖、榮湖、紅山三個淨水場，降低營運成本，提高給水效率。
水廠其編制員額，民國55年設置時，僅置廠長等職員4人，技工工友4人，合計8人；民國56年 7月再檢討擴編為職員6人，技工工友5人，合計11人；63年5月再擴編員額，職員員額為9人，雇員6人，技工30人，臨時工4人，合計49人，且為便於管理各供水站之需要，經依組織規程規定，設置金城、金湖、金沙、烈嶼四個服務所，各置管理員一人，由資深技工兼任之；67年1月再次擴編，職員員額為17人，雇員6人，技工37人，工友2人，臨時工5人，合計67人。
為厲行分層負責，強化管理健全組織，邁向企業管理，加強業務審核與督導工作，經行政院70年2月核定首度分設工務、行政兩課，各置課長一人，且四個服務所設專任管理員，並再置專任人事管理員及會計員，組織擴編為職員21人，雇員6人，技工37人，工友2人，臨時工5人，合計為71人。
嗣於81年考量環境污染日益嚴重，為改善湖庫之污染，自81年開始各湖庫上游區域均已陸續增設污水蒐集系統，並在四大湖庫附近增設四座污水處理廠，考量污水廠之營運操作需要，並秉持人員精簡政策，經縣府核定暫不單獨設置專責單位掌理，乃暫附屬於自來水廠，故修編增設污水處理課，另基於水質檢驗監測，及專案計畫之研究與執行，再增設研究發展室，82年核定之編制，共有行政、工務、污水處理、研究發展、人事、會計等六課室，並在工務課下置金城等四個服務所。
為因應業務之擴充與推展，於95年9月再修編增設副廠長一職，並將研究發展室改為生產供水課，且調整各課職掌，以事權統一，另將金城等四個服務所改隸生產供水課督導。並於109年配合業務需求及人力規劃，調整為金東、金西及烈嶼三個服務所。
歷任廠長計有：第一任賀光耀（55.1-55.11），第二任郜英時（55.11-56.11），第三任姜希文（56.11-58.3），第四任洪福壽（58.8-59.1），第五任黃璉（59.1-63.1），第六任蔡鑫銘（63.5-63.11），第七任何居先（63.11-66.2），第八任謝佩元（66.3-68.8），第九任鄧炎亭（68.8-70.11），第十任張雲羽（70.11-72.9），第十一任張忠民（72.9-77.10），第十二任李榮文（78.4-79.1），第十三任李增財（80.5-84.9），第十四任李榮文（84.10-89.4），第十五任楊誠國（89.5-92.4.16），第十六任翁自保（92.4.16-99.7.31），第十七任陳世保（99.8.1-101.2.20），第十八任王登緯（101.2.21-104.3.1），第十九任翁文貴（104.3.2-104.8.31），第二十任蔡其朝（104.9.1-106.01.15），第二十一任許正芳 (106.01.16-107.12.24)，第二十二任張武達。