目前大陸引水之水質符合台灣飲用水水源水質標準，其水質相較於地區當地水庫相對優質。目前有關大陸水質把關部份，現採取「三層把關，115項檢測」的機制，分別設置於大陸晉江引水點、金門田浦水庫進水點及淨水場，如水質不符規定，將視水質異常狀況機動調整應變。