一般「藻華現象」是在旱季及氣溫回暖時較常發生，主要是因為水體營養鹽豐富，造成藻類在表層水大量增生。金門地區湖庫常見藻種為「藍綠藻」及「葡萄藻」，常造成湖庫發生綠色及紅色的「藻華現象」 目前地區淨水場設有浮除及慢濾單元，專為處理藻類，且出水水質也都要求需符合飲用水水質標準始能供應，故請民眾放心使用。