美國疾病管制中心(CDC)表示，只有愛滋病毒感染者的體液才能傳遞人類免疫缺乏病毒(HIV)，這些體液包含血液、精液、前列腺液、陰道分泌物和母乳等，這些體液在離開人體後，病毒不能長時間存活，無法在體外繁殖，同時失去感染性。縱使愛滋病毒出現於水中，在淨水處理加氯消毒程序中就能將之殺死，愛滋病毒不會藉由自來水傳遞。 澳洲飲用水指引(Australian Drinking Water Guidelines)中指出，水中腸病毒傳染病之主要來源是人類的排泄物，水源集水區受人類糞便污染可能存在腸病毒風險，經由多重屏障和消毒處理才能確保安全供水。 世界衛生組織(WHO)在2007年表示，受感染的禽類聚集處是禽流感病毒進入飲用水源最可能的途徑。這類病毒能在水中存活一段時間，因為病毒之結構，對含氯消毒劑相當敏感，經過加氯消毒，可以有效殺死禽流感病毒，不會造成飲用水安全問題，另外並沒有人類因接觸水感染禽流感H5N1病毒的醫學證據。 本廠各淨水場淨水處理均採取加氯消毒，可有效去除水中的愛滋病、腸病毒及禽流感等致病菌，並定期對淨水場出水及供水區配水點進行指標性微生物檢測，結果皆符合飲用水水質標準，民眾可以安心飲用。